许多土邦在当时印度副总理萨达尔·瓦拉巴伊·帕特尔的巧妙交涉下决定归属印度，然而查谟-克什米尔土邦的归属问题却引发了第一次印巴战争，两国在之后仍爆发过多次印巴战争。巴基斯坦的领土被分为东西两部分，国家状况并不安定。这种状况一直持续到孟加拉独立战争和第三次印巴战争，东巴基斯坦独立为孟加拉国。1974年，印度进行了核试验。巴基斯坦也与其对抗在1998年进行了核试验。两国的对立不仅是南亚地区，也是世界性国际政治的不稳定因素。
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