秦始皇还有一大罪名是“坑儒”。坑儒本与焚书无关，坑儒是由道家的方士引起的，矛头对的本是道家的方士。有两个方士法术不灵，害怕杀头，便悄悄逃走，逃走之前极力散布诽谤秦始皇的言论，秦始皇本来很器重他们，这一行为，让秦始皇暴怒。随后把咸阳城市中所有的知识分子都抓起来，调查他们平时有无诽谤言论，调查结果有四百六十人犯罪，全部坑杀。
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