三藩之乱的历史争议：清军大规模屠杀平民百姓
由于康熙盲目的做法把吴三桂逼上了绝路。被逼上了绝路的吴三桂绝对不会束手就擒。历时八年的“三藩之乱”开始了。
所以说，康熙皇帝“撤藩”的做法是错误的。其实，不仅如此，如果从中国历代强盛王朝撤藩的历史来看，康熙此举，也是十分冒险的。如果康熙皇帝多读一些历史书，他就会发现，大清以前的历代强盛王朝，其实都存在着如何撤藩的问题。武力撤藩，都会给国家带来重大的损失，给人民带来巨大的灾难!
清军在战争期间的暴行
不提与康熙尚无关系的扬州十日、嘉定三屠，只说康熙在平定三藩时，清军对平民的屠杀，从许多记载来看也是相当惊人。
《清史稿.王骘传》里记载的王骘在康熙的上疏中说“四川祸变相踵，荒烟百里，臣当年运粮行间，满目创痍。自荡平后，修养生息，然计通省户口，仍不过一万八千余丁，不及他省一县之众”。
这个时期四川人口的损失，平民的死亡显然和清军是脱不了干系的。
其实不仅是四川，其他相关地区也遭受类似的厄运，比如江西百姓遭受屠戮的数量就不少，康熙十八年，浏阳县知县曹鼎新说“自甲寅吴逆倡乱，……以至王师赫怒，整兵剿洗，玉石难分，老幼死于锋镝，妇子悉为俘囚，白骨遍野，民无噍类”。
这里说的就更明确了“王师赫怒，整兵剿洗，玉石难分”，联系到清军一向有屠杀平民的传统，再加上清朝方面的官员也不会故意抹黑清朝自己，所以这类记载的真实性是没有疑问的。
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