孙中山先生与南京毗卢寺
1912年，中山先生在长江路临时大总统府会见高僧太虚大师。太虚大师禀报中国佛教面临困境，提出中国佛教应当从山头走向团队，从僧团走向教团，从禅堂开示走向科堂讲学。中山先生十分认可大师建议，当场指定秘书马君武配合太虚大师到毗卢寺调研。在中山先生的推举和支持下，中国佛教协进会在毗卢寺诞生。为此，太虚大师作偈语如下：
仰止为佛陀，
完成在人格。
人成即佛成，
是名真现实。
中国佛教协进会的诞生，为中国佛教会的逐渐成熟，打下良好的基础。
抗战期间，抗日僧伽救护队从毗卢寺出发，先后在上海、武汉、重庆从事伤员救护、物资运输等工作，受到各界好评。抗日僧伽救护队司令、南京香林寺方丈宏民大和尚不幸于上海病故，毗卢寺方丈瑞生大和尚专程到上海为其封缸说法。
1941年玄奘大师顶骨在城南三藏院发现后，移驾于毗卢寺供奉。
抗战胜利后，南京市民吴旋和罗谨珍藏在毗卢寺东厢房的南京大屠杀相册证据，使拒不认罪的战犯谷寿夫不得不低头伏法。
1947年4月，毗卢寺召开抗战胜利后全国第一届佛教代表大会，章嘉活佛当选理事长，安徽代表赵朴初居士当选理事，留任秘书工作。周恩来先生在秘书宋平陪同下，在毗卢寺会见了章嘉国师。同年，中国中医院在毗卢寺成立，于佑任任董事长。同一时期，毗卢寺还创办了毗卢佛学院，出版《中国佛教美术》杂志。虚云老和尚、圆瑛老和尚等高僧在毗卢寺讲经说法。藏传佛教、南传佛教的高僧纷纷来寺礼佛，毗卢寺成为全国佛教中心和中医研究中心。
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