战略部署被打乱，平叛任务难完成，洪承畴无奈请辞
除了备作战外，上文还提到一个问题叫 树我之藩篱。这个意思是说 建立一条从湖北到广西，穿过湖南常德、宝庆的千里防御纵深，以永州、祁阳、衡州、湘潭、益阳、常德、彝陵、荆州等节节设镇，五千里之长边，首尾呼应，而楚中之气脉贯若连星。但是由于建立这条防御体系所要耗费的人力、财力和时间实在无法估算，故而没有受到清廷的重视。
这样做的目的是很明显的，因为洪承畴麾下部队所布防的区域比较广阔，将麾下标营分配至具体地方，需要有连贯的防御体系来联通，这样才不会在战役中出现被分割包围而歼灭的危险。可以说，这是他军事才能的体现。
另外一点就是也可以防止南明军队和地方武装的势力，插空子，在两地之间建立起武装，然后对驻防地区进行袭扰，若时日耽搁久了，插空子的地方武装多了，那么清军必将疲于应付，落于下风。这个举措对抗清势力的联合活动，进行了有效的遏制。
南明名为明之后，实际就是由几个军阀拥立一个没有实权的皇帝组成的各自为政的散漫的政权。
但是由于洪承畴的总体战略中，制订的是守字当先，所以这条防线在军事对抗中所起到的作用实际十分有限，他自己曾经说他在湖南地区是一筹莫展，寸土未恢。他坐镇长沙四年，绝少主动出击。当时清廷多有人上书参奏洪承畴，但是因为顺治帝并不做出回应，所以此事也就作罢了。
顺治十一年，李定国兵败广东，退往广西，洪承畴并不截击，只是因为他在湖南地区的所作所为刚刚见了成效，且李定国并不是孤军，因为当时孙可望占据着湖南的另一边，靖州、沅州、辰常皆为其所有。这个问题常常为后人说诟病，但是当时也确实是迫于无奈，不能追，这个冒险的亏，之前在松山已经吃过了。如果孙可望趁着洪承畴出击之际，截断了粤西险道，则洪必然首位不能相顾。
而且当时，湖南地区的清军态势并不稳定，在李定国于广西发动攻势时，洪承畴麾下发生了官兵溃逃事件，原因在于洪承畴刚到湖南，就开始让各镇、营部将率部进驻常德，抢占区域作为前沿阵地。
而当时因为他恰好遇到了班师的贝勒屯齐，得知宝庆附近的要地，要被孙可望夺回，五月，将劳师派入战斗中，导致了所占区域的后勤补给完全跟不上，因为城中无百姓，几乎都是死城，加上这些人基本都是西北地区的官兵居多，水土不服，发生了溃逃，共逃193人，追回108人。以此等状态的劳师与李定国的部队作战，无异于以卵击石。因此从六月起，洪承畴开始练兵和休养生息，一直到顺之十二年上半年为止；
而顺之十三年，再次发生了一件事情，这件事情则也让清廷对洪承畴失去了最后的权宜性的信任。顺治十三年十月，发生了放弃辰州的事情，在武冈地区五次易手后，驻守荆州的宁南靖寇大将军阿尔津率兵攻下孙可望部将占据的辰州后，欲进行固守，但是由于这个地方是一个前出位置，周围的靖州、沅州仍旧在孙可望手中，所以成为了众矢之的，阿尔津无法保证自己手下满洲兵粮饷的供应充足。武冈战役我就不讲了，有空我一定会说，但是过程比较复杂。
当时负责主管粮饷供应的是湖广左布政黄志遴，署理督粮道事武昌知府梁知先，而在一次大规模运输途中，米豆、草料的船搁浅，致使所有物资几乎完全丧失了。但是这俩人因为洪的庇护，免除了处分。这个船是怎么翻的原因，没有说，个人分析是遇到劫匪了。而这个劫匪的身份应该就是南明的地方武装，这个就不说了，清军在军事行动中，并不像之前瓦解南明军内部那样顺利，他们不占上风。
而且后方供应能力极为有限。这似乎又让洪承畴回到陕西地区剿匪的时候。以少量的精锐面对大规模的乌合之众，夺了的地方又被夺回去。无险可依，无路可守，况且孙、李并非泛泛之辈，想等到洪的五千里长边防御体系建成，当时估计还要一年。才有可能做到首尾呼应，主动出击无后顾之忧。在此之前，就算占领了再多的地区，一旦贼数倍而来，则还是要放弃。可以说阿尔津的急功近利，也完全干扰了洪承畴的部署。
顺治十四年六月，洪承畴乞病解任，这个原因在史料中，留下了记载，这次请辞原因在于，清军数次催促洪进剿云贵的南明政权，但是洪坚决不出兵。因为他吸取了之前松锦之战的教训，知道上面的训令是怎么能把一件好事变成一件让自己遭殃的事的。所以，早在顺治十二年底，他就谈了三个条件，这三个条件具备了，方能出兵剿杀，1、官兵齐集、2、粮饷充足、3、事机凑合。
仔细分析一下，不难发现，1、2都属于硬性条件，是清廷无可辩驳的条件，3则又体现了洪的精明手腕，事机凑合，什么时候凑合，那并不是兵部说了算，也不是福临说了算，而是洪本人的决断说了算。也就是说，即便前两者满足了，如果只欠东风，那洪经略依旧可能不会出兵。这样一来，清廷也不高兴了。
而就在这个时候，洪得到了一个线报，这个线报，就今天的眼光来看，是一半正确，一半错误。内容是，孙可望、李定国可能要尽释前嫌，正确在于，李定国面对孙可望的诸多要求、欲望，他退了一步，而错误在于，这种退让让二人的矛盾其实更深了。
洪承畴虽然用三个条件，将兵部催促其出兵的要求推到了十三年冬天。但是这个情报，无疑给洪承畴泼了一盆冷水。让他原本计离贼党，使自为解散，以溃彼之腹心的大计划落空了。于是，在这种比较被动的局势下，他请求辞职。因为他预测，即便这个三个条件都做到了，届时孙、李合兵，他依旧难以凭借手中牌取胜。
对于他做法早有不满的清廷上层，这次也不再容忍，甚至连 爱卿你留下吧 这样的表面文章都没做，就答应了他的请辞，而且很快就批复了他。如此之快，效率之高，再次证明了清廷对他的信任，是迫不得已的，是权宜的信任。顺治十六年，洪承畴的地位已经不如从前很尴尬。顺治十七年，他正式从西南地区回京，完成了他的历史使命，而他前脚刚走，后脚孙可望就投降了清廷。
在两次大决断面前，洪承畴都没有做出大家希望他做的抉择，松锦之战被俘，他没有殉国，经略西南遇到瓶颈，他没有继续努力扛下去。这不得不说，是他性格中为人的优点，而却是任事的弱点吧。
回京之后，洪更加小心谨慎，康熙四年，他去世于南锣鼓巷的家里。只得到三等轻车都尉的廉价头衔。千秋功罪任由后人评说。
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