谁说国民党高层都贪污腐化？他一生官运亨通，晚年病倒却无钱治病
1953年年底，朱家骅在台北南港的一片水田里建起了仓库和宿舍，“中研院”总算有了新的根据地。所需经费绝大部分是由朱家骅从“政府”争取的拨款，另还有胡适在美国申请的中华教育文化基金5000美元，美国洛克菲勒基金会1万美元。
1954年11月，住杨梅附近的“中研院”人员，正式迁入南港的新宿舍。1955年以后，朱家骅筹思逐渐恢复原设的研究所，先后有民族研究所、植物研究所、动物研究所、化学研究所，又增设近代史研究所。光依赖“政府”拨款显然是无法完成这些计划的，朱家骅又想到了中英庚款。基金董事会在抗战使用最后一点余款购买美国救国公债20万美元，由董事会委托华美协进社代存，预备发付留英公费生转学美国的费用。有些机构团体都想在这笔款里得到补助，或者变更用途，设法转为私用，都被朱家骅拒绝。1956年7月，朱家骅在谷关养病，想到“中研院”请款困难，几个计划的经费，都毫无头绪。若用此庚款的最后尾数，付与研究院，作为恢复化学所、动物所，充实植物所，筹建经济研究所，岂不更好？朱家骅很兴奋地下山到台北，召集中英文教基金会董事会议，由“中研院”总干事周洪经代表向中英文教基金董事会正式申请，一面呈报“行政院”。接着由董事会代表、研究院代表、“政府”主计处、“教育部”、“外交部”、“财政部”、“审计部”等机构代表共13人，组成“中英文教基金补助费运用委员会”，负责处理此款。等到此款处理完毕，文教基金会董事会即告正式结束。
不过此款的用途后来又横生枝节。因为“政府”于1957年1月又变更了决定，把“中研院”原拟定的各所分配运用，改为单独运用于化学研究所的经费。“中研院”虽然不明所以，但仍遵办，于是另行为原定其他各所筹措经费，照计划进行。
“政府”所指示的成立化学研究所，则聘魏喦寿为筹备处主任，负责运作。后来从西德和美国买了化学仪器图书不少。同时还特别成立一个由化学家组成的化学咨询会，协助进行。但是这一反复终于为不满朱家骅的人有了可乘之机，认为他恢复化学所太慢，又说其他各所也占用了政府专为化学所的经费。如此蜚短流长，使朱家骅心灰意冷。
1957年8月4日，星期日，蒋介石、宋美龄顺道到南港“中研院”巡视，朱家骅事先不知。蒋介石看到从南港到研究院的柏油马路尚未铺好，颇有愠色，这是他指示要省政府办的，经拖延未办。另有小报传，蒋氏夫妻到中研院视察，时在星期天，应门者仅一衣衫不整的工友，蒋氏大为光火。8月18日，朱家骅主持“中研院”第三届评议会第三次会议，选举了院士候选人周良炜、李政道、杨振宁等34人。8月20日朱家骅留下辞职书，即赴谷关休养。9月初，辞职奉准，由胡适继任院长。
在选举院长候选人的评议会上，同时通过了一封给朱家骅的慰问信：
朱院长骝先先生赐鉴：
此次第三届评议会第三次会议开会之时，适值先生体弱多病，在辞职中，缅怀本院为全国最高学府，创立至今，已三十年。先生于早年历任评议员、总干事，赞襄鸿业。嗣继蔡先生之后，主持院务，十有八年。抗战期间，添设植物、医学、数学各所，扩展院务，渐臻完备。及共匪叛乱，大陆沦陷，努力搬迁历史语言、数学各所，在艰苦中，为国家保全图书文物之精华，维持学术尊严及研究水准，且为国家继续培养人才。今年建筑南港原址，并在台筹设近代史、民族、植物、动物、化学各研究所，为国家逐渐奠定在台学术基础。凡此贡献，殊源感念。自一直公决，专函慰问，并表示同仁敬佩之诚。谨肃奉达，敬视健康。
评议会全体同仁（签名）敬启
这封慰问信由全体评议员亲到朱家骅府上面递。
1958年1月11日，“中研院”举行院长交接典礼，从此以后，朱家骅结束了他为“中研院”服务三十年的历史，也结束了他最后一个在“中央政府”里担任主管责任的生涯。
朱家骅虽屡任高官，但为官清廉，不蓄私财，当他1958年再次吐血病倒之时，竟连住院动手术的钱也一时无措，后由好友旧属捐赠才得以渡过难关。
当然，朱家骅还有一个重要民间团体的职务——“联合国同志会中华民国总会”会长，该组织的前身是国际联盟同志会中国总会。朱于1936年被选为会长，二战后，国际联盟解散，联合国成立，原有的国联中国总会改为联合国中国同志会，仍选朱家骅为会长，并当选联合国同志会世界协会名誉会长。
国民党败退台湾后，在朱家骅主持下，该会经常出版几种刊物。该会每月必举行学术研究性与国际政治时事的座谈会两次，聘请中外著名学者政治家到会演讲。
从1950年到1962年底，十一年间共举行过383次，其精彩内容都刊登在《大陆杂志》上。
《大陆杂志》社是朱家骅主持于1950年7月15日成立，直到朱家骅去世的十几年间，该杂志是中国出版的学术水准较高的刊物，深受国际间的重视。
朱家骅的家庭，一般讲是不算美满的。他的父亲朱云舫、母亲姚氏生子女八个。
朱家骅上有大姐长他十九岁，大哥家麟（字祥生）长他十六岁。中间除一兄一姐早亡之外，还有二哥家骐，大他五岁，二姐大他两岁（13岁早亡）。朱家骅出生时难产，第三天才出生。三年后，姚氏又生一女，只1岁即夭折。其父母先后一年去世，都只有49岁。朱家骅后由嫂陈氏抚养成人，兄嫂视其如己出，爱之切，督之严。1928年嫂陈氏去世，次年大哥又去世，之后几个侄儿女的抚养教育朱家骅都极为周到。1948年4月15日，朱家骅特意选择在自己的生日这天主持侄儿国勋与钟萃兰的婚事，以告慰大哥大嫂的在天之灵。
朱家骅前后有两位太太，都无子女。元配程亦容女士，吴兴人，是他大哥祥生同事周党的姨外甥女，小朱家骅六岁。1913年两人相识，第二年1月两人订婚，两月后，朱家骅赴欧洲留学。1917年初回国，8月初与程亦容在北京结婚。1918年携眷再去欧洲留学，1924年回国。在旅欧期间，夫人因子宫外孕开刀失去生育能力。
夫人法语好，会弹钢琴，很活跃，两人性格不合。抗战期间，夫人没随他赴汉口、重庆，而是避居香港。朱家骅几次要接她去重庆，她不肯，而且在香港闹得风言风语，于是朱家骅与她离婚。1946年2月12日，朱家骅在台北与王文渊女士结婚。后来王女士也没有生育子女，到朱家骅去世时才由王女士遵遗命宣布以侄儿国勋为继嗣。
朱家骅的健康，也不算太好。据其秘书高廷樟说是因为工作太忙，无暇兼顾。高说：“朱先生任交通部长同时也兼任教育部长半年之久，才由王雪艇部长继任。
交通部单位很多，事情很繁，朱先生他每天早上到党部或行政院参加会议，开完了会，到部里处理公事，时间总不够。部属中午下班休息了，他还是不能离开而仍在部办公，下午也往往在外头仍有些会议需要参加，回到部里的时候，总是在四点钟以后。”朱也说过：“我从政以来，以公务羁身，责任心重，疏忽了家庭温暖，只怪自己。”朱家骅的体质其实不差，只是工作太忙，应酬又多，又能豪饮，他自己说年少时一餐一瓶白兰地无问题。1937年任浙江省主席时患了胃溃疡，胃出血。1953年2月，又患十二指肠出血。1955年应邀赴韩国访问，回程经日本，5月28日在东京忽感说话迟钝，经诊断，系轻微脑出血，从此以后，各种病痛纷至沓来，经常入院治疗或易地休养，常在台中谷关一带。朱家骅对秘书说：“不意我为体力一衰至此，要想恢复健康，恐怕很难了。但愿再有十年，一能亲见反攻复国，二能看见人类登上月球，三能看见教育学术界有更大的成就，我就满意了。”
1962年起，朱家骅又发现心脏扩大及血管硬化症状，行动已感迟钝。1963年元旦上午，朱参加国民党中央委员会和“总统府”两次新年团拜。下午及第二天，出门拜会老辈及好友，3日上午10时，到“联合国同志会”办公（这是他多年未间断过的），总干事方志懋见他气色不好，劝他回家休息。下午3时半，作例行按摩，半小时后，微感不适，按摩停止，上床休息。4点半觉胸部闷寒，起床走到门口，喘气盗汗，家人忙扶至室内椅上。刚坐下，喝开水，喉部阻塞，不能言语，头也垂下，4点50分与世长辞，享年71岁。
他去世后，各界人士纷表哀痛，蒋介石也亲临吊唁，并赠“怆怀勋硕”挽匾，其遗体葬于阳明山公墓。
朱家骅身后将个人档案捐给中研院成立《朱家骅先生档案》，为中国近代史研究提供了宝贵资料。台湾方面为了纪念他，专门出版《朱家骅先生逝世纪念册》，设立朱家骅先生寿辰奖学金。
1963年1月7日，中央研究院院务会议，首先全体起立致哀，旋即决议以即将落成的民族学研究所大楼，定名为“朱家骅纪念馆”。这也是中研院院内唯一一座中国宫殿式大楼。从1972年起，中央研究院每年举办“朱家骅院长讲座”。
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