他是中国第一批院士，胡适说没有他就没有中研院，竟还做过总统
朱家骅一生的大半辈子里，内战、外战不断，在那样的艰难岁月里，他一直不忘致力于文化教育事业的发展。而这其中最大的贡献在于，他于1928年协助蔡元培创办了民国时期中国科学、文化研究的最高机构——中央研究院。这工作的艰辛是不难想象的：从1928年到1948年，战火一日未断，而科学研究院事业又很难得到国家拨款，难免单薄得像纸一样。日寇大举入侵，院址一迁再迁，朱家骅工作尽心尽力，组织得力，致使仪器设备、资料图表没有受到什么损害。科学家们在那样艰难的岁月里不但能团结在中央研究院中，而且做出许多成果。比如华罗庚在数学界、吴大猷在物理学界出名，都在抗战时期。中央研究院实实在在成为载着中国科学起飞的飞行器。
1940年3月5日，中研院院长蔡元培在香港病逝，选举继任院长成为最重要事务。
按程序，中研院院长的产生应由中研院评议会投票推荐三位候选人，再由国民政府从中遴选任命。由于蒋介石欲将个人意志强加给评议会，“下条子”让选举未跟汪精卫叛逃的汪派人物顾孟余为院长，引起学者强烈反感，认为此举破坏了学术自由与独立。陈寅恪说：“我们总不能选举几个蒋先生的秘书。”最后评议会选出翁文灏、朱家骅、胡适呈报。蒋介石于9月18日任命朱家骅为代理院长，并一直到1957年10月在台湾卸任。
朱家骅任中研院院长期间，秉承了蔡元培学术自由的理念，尽量减少政治对科研的干扰。无论是院长的选举，还是各研究所所长的任命、研究人员的聘定、研究方向的确立、评议会评议员的选举等等，都是其内部事务，自行解决，因而具有相当的独立性。也正是这种宽松、自由的环境，使得中研院在战乱的大环境之中依然能做出优秀的成果，涌现了一大批科技人才。到1948年，朱家骅在中研院建立14个研究所，组织了数理、生物和人文三个院士组，一共推选出81位院士，朱本人也是其中之一，这也是中国历史上的第一批院士。仅以数理、生物组53名院士来看，既有中国近代学术的开拓者，也有他们的学生。年纪最大的钱崇澍65岁，最小的陈省身37岁。许宝、华罗庚都只有38岁。他们不满40岁就当选院士，可见当时学术界之风气。而且，评选过程中意识形态没有成为先决条件，学术成就及其对学术发展的影响是唯一标准，因此有“共产党科学家”郭沫若当选。
1948年9月23日，第一届院士会议举行，翌日选举第三届评议会评议员32人，这是首次由院士选举产生的评议员，因此，“本院主持人委员长，构成之主体则为院士，学术意志则属于评议会，而从事学术研究者，则为各研究所、国家学院之体制，与本院成立二十年之今日，乃告完成。”胡适后来多次说：“没有朱先生，就没有中研院。”
1946年，国民政府还都南京，朱家骅主持战时教育复员工作，修正中小学课程标准，重订大学课程。当时蒋介石热衷于内战，教育经费奇缺。但朱家骅努力创办了一批学校：如国立湖州高级桑蚕丝职业学校、西北兽医学校、淮南煤矿学院、上海商船专科学校、上海工业专科学校、南京药学专科学校等；1948年9月，在南方设立临时中学，收容河南、山东的流亡学生。他还在重庆创办重庆国立青木关中学，重庆现在还有“骝公桥”，不忘其文德。
1948年冬，平津即将解放，南京也已风声鹤唳，朱家骅派大批人马把故宫、中央博物馆、中央研究院、北京图书馆的文物、书籍大量运往台湾，并把中央研究院搬迁至台湾，网罗、收容各地名教授，安置到台湾。期间，他多次向蒋介石、毛人凤保释被关押的同济大学校长周均时，虽未成，也使周没有遭受虐待。
朱家骅在任中央研究院院长期间，主持过两次大迁移。第一次是抗日战争期间，虽然历尽艰难困苦，但结局还算圆满；第二次是因国共内战，中研院迁至台湾，这次迁移更加艰难，最后虽然成功，但是中研院几个所中，到台湾完整的研究所只有历史语言研究所和数学研究所。
1948年秋的淮海战役，国民党军队失利，朱家骅召集中研院院务会议，秘密决定搬迁，目的地先是暂定广州、桂林、台湾三处，原在南京扩建计划停工。11月，先令史语所全部人和物、数学所大部分，搭乘军舰和招商局轮船，运至台湾。当时朱家骅向政府请得金圆券400万元，将半数先行汇到台湾，但这笔钱由于没有及时抢购房屋及生活用品，就因贬值几成废纸。以后迁台的人和物竟找不到栖身之所，影响了尚在南京、上海犹豫不定的各所人员的心理与行动。接下来的还有四大困难：第一，大部分研究员不愿再迁；第二，经费庞大，当时已无法申请巨款，先申请的400万因贬值而成废纸；第三，交通工具奇缺。当时上海一带兵荒马乱，个人购买船票已极为困难，何况是团体？第四，心理上的因素。谈到迁移，中研院的人们几乎谈虎色变，因为经过十几年往返迁徙之苦，记忆犹新，大家似乎再也鼓不起勇气了。加上先期到台湾的人员向他们描绘台湾条件之差，生活之苦，更令他们望而却步。因此尽管朱家骅苦口婆心劝说，但大多数人阳奉阴违，故意拖延时间。
南京解放的头一天，朱家骅离开南京到上海，先安排张君劢、李璜、陈启天、王师曾、刘静远等飞赴广州，24日召集中研院会议，商讨搬迁问题，因经费、交通等困难，无法行动。25日他飞到台北，即与傅斯年见面，次日前往杨梅火车站，看到先运到的图书设备还是整箱堆放在火车站仓库，人员则散居附近简陋民房，朱家骅没有想到竟是如此境地！搬迁之难，可想而知。后来任中研院总干事的杨树人说：“朱院长当时一面要筹集经费，维持先去台湾和上海集中同仁和家眷的生活，一面还要兼顾留京人员的生存，一面要派员分赴台湾、广州及广西各地接洽续迁的事务，煞费苦心。”
1949年5月，上海解放，留在上海的中研院大部分人员也就留在了大陆。数学所所长姜立夫本已到台湾，因觉生活清苦，前途无望，写信给朱家骅，建议解散中研院，遭到拒绝，就到广州去岭南大学任教，史语所院士陈寅恪也受聘岭南大学。
这期间，4月28日，朱离台飞赴广州，当时国民政府在广州，而中研院的总办事处依规定在中央政府所在地，也在广州。5月底，何应钦辞行政院长职务；6月3日，李宗仁以阎锡山为行政院长，朱家骅为副院长。7月14日，蒋介石到广州，16日成立中央非常委员会，朱被指定为委员。8月5日，美国发表《中美关系白皮书》，朱家骅以联合国中国同志会会长的名义发表谈话予以反驳。10月12日，广州告急，“国民政府”迁重庆，行前朱亲去岭南大学劝陈寅恪、姜立夫等去台湾，当然不可能有结果。13日，朱家骅飞往重庆。15日，广州解放。11月底，重庆岌岌可危，“国民政府”迁成都，朱也只有随往。30日，重庆解放。朱家骅在离开重庆前夕，与侄儿朱国勋灯下相向，彻夜长谈，痛感于时局的崩溃，侄儿第一次看到朱家骅留下痛苦的眼泪。
12月8日清晨，朱家骅与阎锡山、陈立夫、邱昌渭等同机离开成都，直飞台北。月底，心力交瘁的朱家骅辞去“行政院”副院长职务。1950年2月19日~3月1日，他曾代行总统职权。
1950年3月1日，蒋介石复任“总统”，改组内阁，以朱家骅为“总统府”资政。
从此，他再无政治上的职务，只有“中研院”院长，以及民间团体职务，他把主要精力放在“中研院”的重建上。
当时国民党败退台湾，喘息未定，军民100多万，亟待安置，而当时台湾经济又尚在战后待兴之际，“政府”经费之难，可想而知。此时朱家骅向为“不急之务”的学术机构争取经费，自然是难于登天。为此，朱家骅甚至得罪了前后两任“行政院长”。而且“中研院”也在大举裁员，名额仅剩58人，经费每月2.8万元，折美金不过2000元。院中除史语所、数学所少数高级研究员已在台大教书、住进较大宿舍外，其余大部分人员仍住在杨梅火车站的民宅，生活艰难如前。
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