晚年王云五：毁誉参半，仍坚信“两岸统一”，坚持“一个中国”
从无党派人士从政的角度看，王云五当官为国民党一党专政作了些许粉饰，主要起了政治点缀品的作用。在台九年为官任内，因为党内外有别的关系，他没有参与过国民党中央决策事宜。
在台湾时期，王云五担任过的正式官职是“考试院”副院长和“行政院”副院长。“考试院”副院长的任职始于1954年9月1日，院长由莫德惠担任。莫、王两人都是无党派人士，是国民党台湾政坛上两个不可多得的稀世珍宝，被同时安放在“考试院”，起装点门面的作用。“考试院”的职权是分管考试与铨叙，即人才的选拔，但职权也不充分。考试院“院长职权为综理全院事务及提名考选委员会委员长、委员、铨叙部部长、次长请求任命。副院长除了在院长因故不能执行职务时进行代理之外，无别样职权”。
作为“考试院”副院长，王云五平时没有专管的事项，只是在1955年3月至7月院长莫德惠病假期间，代理过院务，主持过考试改革，略微有些作为。在“考试院”副院长任内，王云五还参与过“改组职位分类委员会”工作，但职权有限，没有明显业绩。他提出过不少建议，如建议多办夜校，大、中学校招生不必限于正规学历，建议设立博士学位，建议改革考选人才方法等，并对当时考选人才的方法提出许多批评及改革设想，但被直接采纳者极少，这与国民党当局不愿锐意改革，及官僚机构固守成法是有很大关系的。对于官场积习，王云五很看不惯，但又没有能力去改变陈规陋矩和腐败习气，加上“考试院”副院长又是极清闲的职位，在全力投入有关行政改革调研事项之前，他有许多空闲时间，时常发表各类文章。由于担任政府官职的关系，1955年1月起，他不再用真名或已为外界熟知的笔名发表文章，另用化名，用得较多的是“龙一江”。
王云五虽然有改革弊政的愿望，但都是对下不对上的。他本人头脑里的忠君观念根深蒂固，反映在其从政实践上，他往往支持国民党一党专政，对蒋介石不乏吹捧之辞。这样的从政态度和改革愿望是很受蒋介石赏识的。因而，从1955年起，蒋介石便开始起用他兼搞行政改革方案。1957年，王云五代表台湾参与联合国大会。在他回台后，将其在美国所见之资料及调查结果，汇整提出关于科学管理与行政效率的报告，获得了蒋介石的认同，旋即成立“总统府临时行政改革委员会”，王云五任主任委员。1958年7月，他调任“行政院”副院长，负责推行行政改革事宜。
在王云五主持下，临改会在半年内提出88项改革建议案，涉及到官场腐败、军费浩繁、金融混乱、人权受压等敏感问题。由于建议案涉及弊政方方面面，加之官场积习已深，改革阻力重重，蒋介石后来放弃了改革初旨，采取拖延策略。名义上，王云五主持改革，实际上，他的职权是很有限的，上下左右皆受牵制。结果前后折腾九年多，王云五殚精竭虑，改革却收效甚微，反而激发民间怨气和讥评。
由于公教各部门加薪呼声日高，“行政院”于1960年初决定调高公教人员待遇，并将此案提交“立法院”审议。不料美方认为不妥，以“行政院”挪用“美援”为名，屡屡向陈诚施加压力，“行政院”被迫另行拟定一份修正案，核减原案的加薪数量。陈诚“掼纱帽”，不愿亲自向“立法院”解释其中原因。此后两个月，王云五多次去“立法院”说明情况，竭力为修正案辩解。但“立法院”于6月14日晚间作出决议，恢复“行政院”所提拨给公教人员薪金4.6亿元的原案，否决“行政院”2.8亿元的修正案。而美方意识到若坚持要台湾当局接受其核减公教人员薪金的“建议”，势必引发一场反美风暴，于是转变态度，反而规劝陈诚与“立法院”妥协。陈诚被迫于6月30日代表“行政院”表示，“完全接受立法院一律增加六成之决议”。陈诚忍气吞声地跟着美方转，根本原因是台湾要保持偏安局面，离不开美国在各方面的支撑。公教人员加薪问题上一波三折，使这两位“行政院”正、副院长产生受人辱弄的不平感。陈诚再度萌发辞职之念，王云五也愤慨万状。
身为台湾政坛的高级官员，王云五对于“两个中国”、“一中一台”的论调是坚决反对的，他信守“两岸统一、一个中国”的基本原则。尽管他出于传统的“正统”观念，以及自己的政治立场，有时也说念几句“反攻大陆”的歪经，但他很了解台湾的经济和军事都很脆弱，根本不可能发动大规模的“反攻”。1960年代前半期，台湾“立法院”一些不识事务的人喧闹不休，要求台湾当局马上“反攻大陆”。“行政院”院长陈诚不胜其烦，常托故避免去“立法院”面受质询。王云五以“行政院”副院长的身份去代行这份苦差使。随着台湾在国际事务中日趋孤立，国民党当局仰美国鼻息行事的屈辱状态，使他灰心丧气。如此受窝囊气的官，再当下去也实在没有味道了。
陈诚在任期间多次萌发辞职之念，不甘心做有职无权的高官。陈诚消极避让，无意过问“行政院”事务，这正是王云五担当重任的极好机会。但是，王云五对为官生涯也产生倦意，去意彷徨，又脱不了身。对于公务，他不再全力以赴，于是萌发了自撰年谱的念头。王云五写作的特点之一是，叙述评论不厌其详，大量引用文件、信函及报告速记等档案资料。他一旦决定写自撰年谱，势必投入大量精力收集整理各类资料，只能把公务放到次要的地位了。
王云五于1963年2月开始写的自撰年谱，自取其名为《岫庐自撰年谱稿》，行文较为随意，未曾出版。他后来撰写并出版的《岫庐八十自述》中，大量采用了《岫庐自撰年谱稿》中的文字。王云五自撰年谱，为后人研究他本人，以及商务印书馆历史和台湾社会政治保存了大量珍贵文献。其作用与贡献，是他的“政绩”所无法比拟的。自撰年谱需要投入大量精力和时间，而且写作过程本身使他恢复了对自由生活的向往，于是他下定决心辞去官职，遂于1963年6月24日致书陈诚，力请辞去“行政院”副院长之职。
在他提交辞职书后的第三天，即1963年6月26日，陈诚正式向蒋介石提出辞去“行政院”院长之职。陈诚为了自己能顺利辞去此职，将王云五的辞职书扣下。蒋介石挽留陈诚，同时再给他一个月假期，命王云五代理院长职务。欲罢不能，使王云五感到很苦恼。10月23日他又拟就第二份辞职书，未获批准。后因陈诚坚辞院长，蒋介石遂同意王云五辞去副院长，理由是任何他人组阁，在资望上皆不便屈王云五为副，又因为王云五不是国民党员，不便让他当“行政院长”来组阁，只能允其辞职。辞职后的王云五，被聘为“总统府”资政。所谓“总统府”资政，只是一个虚职，在蒋介石认为需要时，提供些政见方面的建议而已。
王云五在晚年厌倦政治生涯，原因甚为复杂，其中特别是他因“自由人”和雷震案的牵连，身在官场只能委曲求全，其痛苦是可想而知的。
1960年4月，原“自由人”雷震(儆寰)被捕。雷震是《自由中国》半月刊发行人，以涉嫌“叛乱”为名，被台湾“警备司令部”逮捕，同时被捕的有傅正、马之骕、刘子英等。《自由中国》创办于1949年11月，50年代初起，“自由人”雷震任该刊发行人。《自由中国》时常对台湾政坛黑幕及腐败现象予以广泛批评，引起台湾当局的仇视。台湾当局于1959年春便有意采取行动，处置雷震和《自由中国》。1960年9月4日终于借故由台湾“警备司令部”出面逮捕了雷震等四人。雷震等人被捕后，台湾社会上有一种意见，认为军事机关无权审判雷震等人，此案应移交普通法院审判。王云五也支持这种观点。王云五经数日研究，致函“行政院”院长陈诚和“总统府”秘书长张群，大量引述法律条文，力主将雷震案移归普通法院审理。如果把雷震案交普通法庭审判，案情和审判过程将无法保密，判决结果也不易控制，很可能在台湾社会引发骚动，这是国民党当局决不愿看到的。
因此，陈诚对王云五信函不表态，张群则表示“原则甚赞成，尚有某一问题待解决”，其实他并不支持王云五的观点。10月8日，雷震案经军事法庭审判，以不告发“匪谍”、作“有利于叛徒之宣传”等莫须有罪名，判处雷震十年徒刑，同案人刘子英被判刑十二年，马之骕被判刑五年。消息传出，海内外舆论哗然，台湾当局的独裁行径受到强烈批评。
在其他一些问题上，王云五的观点与国民党最高当局的政策也有较大的分歧，他的意见一再被否决，使其从1960年就萌发了退出政坛的念头。
王云五辞去“行政院”的职务之后，虽然仍虚挂着“资政”的头衔，常托故不参加有关的咨询会议。1972年5月6日，他致函张群，以“久病未愈”为托词，请辞“总统府外交综合组”副召集人的虚职，并表示今后不再参加讨论。对于一届“国大”第五、六次会议，他也虚与委蛇，一般讨论不参加，仅在关键时刻受当局力邀，才出面主持。1972年3月21日第五次“国大”举行“总统”选举会议，由王云五任大会主席，蒋介石以“全票”当选“第五届总统”。1978年3月21日王云五应邀主持第六次“国大”的“总统”选举，蒋经国当选。“总统”选举前后的许多会议，王云五大多不参加。
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